 2018년 3월부터 행정안전부와 과학기술정보통신부는 ‘행정기관 및 공공기관 정보시스템 구축·운영 지침을 개정하여‘헤드카운팅’제도를 폐지한 바 있다. 헤드카운팅이란 사업비를 책정할 때 투입인력을 근거로 사업비를 책정하는 관행을 말한다. 이는 소프트웨어 기술력 향상보다 투입 인력 관리에만 매달려 소프트웨어 산업경쟁력을 약화시키는 대표적인 폐단으로 꼽힌다. 그러나 사회보장정보원에서 이런 관행을 지속하여 소프트웨어산업 발전을 저해하고 있다는 지적이 일고 있다.
 김순례 의원실이 사회보장정보원으로부터 받은 자료에 의하면 사회보장정보원은 2018년 4월 19일 사내 공문을 통해 행정안전부의 지침 변경사항을 직원들에게 알리기도 했다. 사회보장정보원에서도 행정안전부의 지짐 변경사항을 인지하고 있었다는 것을 알 수 있다. 그러나 사회보장정보원에서는 이후에도 사업 제안요청서에 인력 관련 사항을 계속하여 명시한 것으로 밝혀졌다.  김순례 의원실에서 사회보장정보원으로부터 받은 ‘헤드카운팅 철폐 지침 시행 이후 정보화 용역 계약 현황’자료에 의하면 14건의 사업 중 9건의 사업 제안요청서에 인력관리 사항이 기재되어 있음이 확인되었다. 심지어 제안요청서에는 ‘수행 인력이 출퇴근 등 근무 상태에 대해 발주 기관으로서 관리감독을 받아야 함’이라며 직접 관리의 필요성을 언급하는 조항까지 있는 것이 확인되었다.

이에 김순례 의원이 ‘사회보장정보원에서 헤드카운팅을 해야 하는 사유’를 요구하자 ‘우리원은 보건·복지 관련 국가정책을 시행·관리하는 주요정보시스템을 개발운영하는 기관으로서, 정보화사업 헤드카운팅 금지로 인해 정보시스템 품질저하, 사업기간 내 과업 미달성으로 인한 보건·복지서비스 품질저하가 우려된다’고 답변하였다.
 김순례 의원은 “공공기관도 헤드카운팅 철폐 지침을 지키지 않는데 어떻게 국가가 민간기업에게 이를 요구할 수 있겠는가”라며 “사회보장정보원같은 공공기관부터 소프트웨어 산업경쟁력에 일조하고 올바른 계약 관행이 정착될 수 있도록 앞장서야 할 것”이라고 말했다.

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